一部のカビは毒素を作る。カビの生産する毒を総称してマイコトキシンと呼ぶ。

• アスペルギルス・フラバスやアスペルギルス・パラジチカスの生産するアフラトキシン。発癌性物質で肝炎などを引き起こす。
   
• フザリウムの一部（所謂アカカビ）が生産するニパレノール、フザレノン・Xなどのトリコテセン毒素。嘔吐、下痢、腹痛などを引き起こす。

カビが分泌する酵素による作用は、様々な食品に用いられている。主な作用としては、

• タンパク質をアミノ酸に分解する

• デンプンを糖化する

が挙げられる。

チーズでは、アオカビを用いた「ロックフォール」、「ゴルゴンゾーラ」などのブルーチーズが有名である。また、白カビを用いたものでは「ブリー」や「カマンベール」などがある。

日本古来の発酵食品では、日本酒、焼酎、醤油、味噌などがコウジカビを穀物で培養し、繁殖させた麹（こうじ）を用いて醸造を行う。なお、納豆は発酵に納豆菌を用いるが、納豆菌は細菌の一種であり、カビではない。

最初の抗生物質として知られるペニシリンは、1940年代にアオカビの分泌物より抽出され、梅毒、淋病、破傷風、しょう紅熱などの感染症の特効薬として、医療分野に画期的な成果をもたらした。

アカパンカビ(Neurospora crassa)は、時計遺伝子の分子機構を解明するためのモデル生物として知られている。